百度360必应搜狗淘宝本站头条
当前位置:网站首页 > 技术教程 > 正文

如何解决生物软件报错问题

csdh11 2024-12-10 13:11 5 浏览

经常有人截一张或几张生物软件报错的图给我,咨询一下错误原因,一般面对这种情况,我的内心都是奔溃的,尤其是我在手机上看的时候,因为屏幕太小,看不清。即使看清了,我也不知道什么原因。因为,我还做不到图像识别,看到什么软件报错,都能立刻给出原因,但是可以给出一些建议啊……

处理软件错误分为两步:
第一,诊断原因;
第二,寻找解决方案。

软件为何会出错?

在命令行模式下运行生物软件,主要考虑三个因素。软件输入文件选项参数。那么可能出错的地方也就在此。部分情况下也可能是硬件问题,比如资源不足。

1、command not found

这样的错误,原因就是软件没有安装,或者是软件路径没有写正确,还有一种可能是软件名写错了,或者没有区分大小写;

解决方案:
1、检测软件是否安装正确,有可执行程序,使用全路径试一下;
2、将软件可执行程序路径添加到.bashrc 文件中的PATH变量中

2、No such file or directory

如果敲软件名,软件可以运行,或者之前软件都可以运行,那么绝大部分就是输入文件的问题。输入文件经常出现“No such file or directory”,这就是因为输入文件路径写错了,在R语言中“Error: object 'x' not found”的错误与之类似。那么检查一下这个对象是否存在,是否有值。

解决方案
检查文件路径是否正确,文件是否存在;

3、文件格式

对于输入文件,另一个比较重要的错误就是文件格式。每一款软件都需要严格的输入文件格式,比如fastq,fasta,sam,bam,vcf等,不能随便输入。还有就是数量的问题,软件需要输入三个文件,你就不能输入两个,也不能输入四个。

4、软件选项参数

如果软件和输入文件都没有错误,那么就有可能是选项参数的问题。检查选项参数是否写正确,-i 是否写成-a了,是否忘了加空格。一般这种情况下,软件不会运行,而是给出帮助信息。

5、Permission denied

这个是因为没有写的权限,就会提示,“Permission denied”,有些软件默认安装到系统目录,普通用户没有权限往这些路径写内容。

6、缺少libxxx.so文件

这种一般是缺少配置,可能是系统中没有安装相应的软件包,也可能是安装了,你没有添加到到自己配置文件中。这种问题一般都是Google一下,或者bing一下错误,查一下到底缺的是哪个软件包,这种一般都是系统文件,找到之后通过yum或者apt安装上软件包就可以了。

如何解决错误?

如果是像上面介绍过的错误,一般容易发现,比较好解决。但是软件、输入文件,选项参数都检查过了,还是提示错误,该如何解决呢?

1、学会分析问题

好的软件在内部都会有处理错误的机制,比如perl或者python的程序,一般会提示错误,面对错误,一定要做到,不要害怕。尝试阅读提示内容。如果发现里面有Memory,那么就可能是和内存相关,是不是内存不够用了。如果是包含Socket,那么可能是网络问题等;

2、Google一下

你所遇到的问题,几乎别人都遇到过,所以,Google一下,或者bing一下错误,看一下别人同样的问题是如何解决的,Google几乎可以找到所有的报错内容。但是你最好要学会搜索,不要把好几页的错误内容都去Google,要学会使用关键字,至于如何使用个关键字搜索,这个你自己Google一下吧。

3、控制单因素变量测试

如果以上方法都试了,还是找不到错误,就尝试控制单因素变量,进行测试。例如有这样的代码,

barplot(x,xlab='', ylab="genexpression",names.arg=c("Control","Cold", "Osmotic", "Salt", "Drought", "Genotoxic", "Oxidative", "UV-B", "Wounding","Heat"),col = c(brewer.pal(9,"Blues")[1],brewer.pal(9,"Blues")[2],brewer.pal(9,"Blues")[3],brewer.pal(9,"Blues")[4],brewer.pal(9,"Blues")[5],brewer.pal(9,"Blues")[6],brewer.pal(9,"Blues")[7],brewer.pal(9,"Blues")[8],brewer.pal(9,"Blues")[9]),cex.axis=1.5,cex.names=1.5,legend.text= c("0 Hour", "After 0.25 Hour", "After 0.5 Hour", "After 1 Hour", "After 3 Hours", "After 4 Hours", "After 6 Hours", "After 12 Hours", "After 24 Hours"
),args.legend =list(x = "right",cex=1),beside=TRUE)
abline(h=0)

上面是一条很长的绘图函数。一次运行会出错,那么怎么办呢。这个时候就一点点筛选,到底是哪个地方出现了问题。
首先

barplot(x)

如果没有问题,在一点点加选项,直到找到出错的地方为止,就是这样。而不是全部代码中去查找。

4、截取部分数据测试

如果感觉数据有问题,就换另外的小数据测试一下,或者截取部分进行测试。比如人基因组很大的数据,如果运行程序出错了,可以用head命令每个截取一部分进行测试。

总结

以上只是我个人的一些总结,实际过程中,软件的错误是千变万化,五花八门的。这个还需要自己多去实践,尝试学会自己解决问题,因为,你每解决一个问题,就是一次很大的提高,每个人都是这么走过来的,唐僧也是需要经历九九八十一难才成佛的。


相关推荐

如何开发视频会议App? 视频会议 开发

过去两年多时间里,视频会议成为职场工作乃至社会常态,在各类场景中得到广泛应用。例如企业会议、培训赋能、远程咨询、产品发布、远程面试等。本案例中的视频会议app来自开发者实战,采用YonBuilder移...

GB28181学习笔记6 解析invite命令

一、信令流程1.实时信令流程点播流程:上级平台向下级发送INVITE请求,请求实时视频下级平台回复200OK上级平台回复ACK确认关闭视频,上级向下级平台发送BYE请求,请求关闭视频下级平台回复20...

音视频基础(网络传输): RTMP封包 mp4封装是什么意思

RTMP概念与HTTP(超文本传输协议)同样是一个基于TCP的RealTimeMessagingProtocol(实时消息传输协议)。由AdobeSystems公司为Flash...

python爬取B站视频弹幕分析并制作词云

1.分析网页视频地址:www.bilibili.com/video/BV19E…本身博主同时也是一名up主,虽然已经断更好久了,但是不妨碍我爬取弹幕信息来分析呀。这次我选取的是自己唯一的爆款视...

IMX8基于FlexSPI、PCIe与FPGA的高速通信开发详解

前言...

实时音视频入门学习:开源工程WebRTC的技术原理和使用浅析

本文由ELab技术团队分享,原题“浅谈WebRTC技术原理与应用”,有修订和改动。1、基本介绍...

当YOLOv5遇见OpenVINO yolov5 opencv

...

写了一个下载图片和视频的python小工具

?谁先掌握了AI,谁就掌握了未来的“权杖”。...

用Python爬取B站、腾讯视频、爱奇艺和芒果TV视频弹幕

众所周知,弹幕,即在网络上观看视频时弹出的评论性字幕。不知道大家看视频的时候会不会点开弹幕,于我而言,弹幕是视频内容的良好补充,是一个组织良好的评论序列。通过分析弹幕,我们可以快速洞察广大观众对于视频...

「视频参数信息检测」如何用代码实现Mediainfo的视频检测功能

说明:mediainfo是一款专业的视频参数信息检测工具,软件能够检测视频文件的格式、画面比例、码率、音频流、声道等一系列视频参数信息。若使用代码检测更灵活,扩展性更强,本文介绍使用python+py...

Python爬虫大佬的万字长文总结,requests与selenium操作合集

requests模块前言:通常我们利用Python写一些WEB程序、webAPI部署在服务端,让客户端request,我们作为服务器端response数据;但也可以反主为客利用Python的reque...

RTC业务中的视频编解码引擎构建 视频编解码简介

文/何鸣...

深入剖析ffplay.c(14) 深入剖析案例,促进以案为鉴

#ifCONFIG_AVFILTERstaticintconfigure_filtergraph(AVFilterGraph*graph,constchar*filtergraph,...

一篇文章教会你利用Python网络爬虫抓取百度贴吧评论区图片和视频

【一、项目背景】百度贴吧是全球最大的中文交流平台,你是否跟我一样,有时候看到评论区的图片想下载呢?或者看到一段视频想进行下载呢?今天,小编带大家通过搜索关键字来获取评论区的图片和视频。【二、项目目...

程序员用 Python 爬取抖音高颜值美女

图书+视频+源代码+答疑群,一本书带你入Python作者|星安果本文经授权转载自AirPython(ID:AirPython)目标场景相信大家平时刷抖音短视频的时候,看到颜值高的小姐姐,都有...